L'export e-recolnat (darwin-core)

1

(% class="mark small" %)**Versions 4.5.37 et ultérieures**

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3

|(% style="width:840px" %)(((

4

(% class="box" %)

5

(((

6

L’export **e-ReColNat** de Flora permet de générer un fichier **Darwin-Core (DwC)** au format ZIP, destiné à la plateforme nationale ReColNat et aux grands agrégateurs internationaux de biodiversité (**GBIF, EOL, OBIS, ALA…**).

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8

Il garantit la **diffusion normalisée** des données de spécimens, leur **interopérabilité** avec les standards scientifiques, et facilite leur valorisation auprès de la communauté de recherche.

9

10

Cette page décrit les principes de l’export, sa préparation dans Flora, ainsi que les étapes pratiques pour le réaliser et en assurer le suivi.

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)))

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13

= Présentation générale =

14

15

== Qu'est ce que l'export e-RecolNat ? ==

16

17

L’export **e-ReColNat** permet de récupérer les données saisies dans Flora et de générer automatiquement un fichier **ZIP au format Darwin-Core**.

18

19

Le **Darwin-Core (DwC)** est un standard international utilisé par les plus grandes plateformes d’agrégation de données sur la biodiversité :

20

21

* **GBIF** (Global Biodiversity Information Facility)

22

* **EOL** (Encyclopedia of Life)

23

* **ALA** (Atlas of Living Australia)

24

* **OBIS** (Ocean Biogeographic Information System)

25

* **OZCAM** (Online Zoological Collections of Australian Museums)

26

* **MaNIS** (Mammal Networked Information System)

27

28

Se conformer au **label ReColNat**, c’est donc permettre la diffusion et l’échange de données vers l’ensemble de ces organismes.

29

30

[[Voir la spécification détaillée ReColNat>>attach:label_recolnat.pdf]]

31

32

== Les entités e-ReColNat et leur correspondance Flora ==

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34

L’élément central du système d’information **e-ReColNat** est le **spécimen**.

35

Autour de lui s’articulent différentes entités qui permettent de documenter sa collecte, sa conservation et son étude scientifique

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37

* Le **spécimen** est associé à une **image numérique** (//Media//)

38

* Il peut aussi être associé une **référence bibliographique**

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* Il est rattaché à une **institution** (musée, université, laboratoire…) qui en assure la conservation

40

* Il provient d’une **récolte**, caractérisée par un **lieu géographique** précis et réalisée par une ou plusieurs **personnes** (collecteurs)

41

* La récolte peut aussi être mise en relation avec des données de **biostratigraphie**

42

* Une **personne** (chercheur, déterminateur) attribue le spécimen à un **taxon** : c’est l’opération de **détermination**

43

44

Un spécimen n’est pas seulement un objet isolé, mais un nœud de connaissances reliant les institutions, les chercheurs, les taxons et les lieux de collecte.

45

46

[[Schéma modèle de données infrastructure e-ReColNat>>image:1756798995119-266.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

47

48

49

Ce schéma conceptuel peut être rapproché du modèle de données de Flora : chaque entité e-ReColNat trouve sa correspondance dans une table ou une notice du logiciel.

50

51

|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Entité ReColNat|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Rôle|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Correspondance Flora

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|**Specimen**|Spécimen physique identifié et conservé dans une collection biologique ou paléontologique|Biens et ensembles

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|**Media**|Ressource multimédia (image). Chaque média possède un identifiant unique et persistant (GUID)|Photothèque

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|**Bibliographie**|Références bibliographiques liées aux spécimens-types|Bibliothèque

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|**Taxon**|Données taxonomiques observées sur les étiquettes|Noms scientifiques

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|**Récolte**|Quand, où, comment et par qui un spécimen a été récolté|Notices Biens/Ensembles (table Opérations en développement)

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|**Géographie**|Localisation précise de la récolte|Lieux et sites

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|**Biostratigraphie**|Répartition des espèces fossiles dans les strates sédimentaires|Stratigraphie (en développement)

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|**Personne**|Collecteurs, déterminateurs, chercheurs|Personnes

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|**Institution**|Organisme qui conserve le spécimen (musée, université…)|Organismes

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62

Chaque entité reçoit un identifiant unique généré par ReColNat (UUID). Flora envoie ses **UNIQUE_KEY** qui servent de base à cette génération.

63

64

= Préparer l'export =

65

66

== Champs obligatoires ==

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68

Pour qu’une notice puisse être exportée correctement vers e-ReColNat, certains **champs sont obligatoires**.

69

Ils doivent être renseignés avant de lancer l’export, faute de quoi le validateur **GBIF** signalera des erreurs bloquantes.

70

71

Les principaux champs à vérifier sont :

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73

* **Clé unique** (généré automatiquement par Flora)

74

* **Numéro d'inventaire**

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* **Modifié le** (généré automatiquement par Flora)

76

* **Nature**

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78

== Alignement du champ //Nature// avec Darwin-Core ==

79

80

Le champ **Nature** est utilisé pour alimenter le champ **BasisOfRecord** du Darwin-Core, qui est **obligatoire**.

81

Ce champ n’accepte que les valeurs en **anglais**, définies dans [[la norme officielle>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord]].

82

83

Pour éviter toute double saisie dans les notices de spécimens, la correspondance doit être gérée directement dans le **thésaurus NATURE** en associant à chaque terme français son équivalent anglais).

84

85

**Cette configuration doit impérativement être effectuée avant tout export.**

86

87

[[Exemple du terme naturalisation associé à son équivalent anglais PreservedSpecimen>>image:1683816757118-207.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

88

89

== Autres spécifications de saisie ==

90

91

La liste des champs exportés est issue de la l[[a spécification détaillée label_recolnat 1.4.pdf>>attach:label_recolnat.pdf]] et de la **documentation technique Darwin-Core**.

92

Les liens indiqués dans la colonne //Champ ReColNat// renvoient vers ces ressources et permettent de vérifier, pour chaque champ, les règles de saisie applicables.

93

94

(% class="table-hover" %)

95

(% class="active" %)|(% style="background-color:#cbcbea; width:273px" %)**LIbellé FLORA**|(% style="background-color:#cbcbea; width:360px" %)**Champ FLORA**|(% style="background-color:#cbcbea; width:370px" %)**LIbellé RECOLNAT**|(% style="background-color:#cbcbea" %)**Champ RECOLNAT**|(% style="background-color:#cbcbea" %)**Obligatoire**

96

|(% style="width:273px" %)**Clé Unique**|(% style="width:360px" %)UNIQUE_KEY|(% style="width:370px" %)(((

97

//Identifiant unique et persistant représentant le spécimen//

98

99

100

)))|[[//http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceID//>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceID]]|oui

101

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %)valeur par défaut = fr|(% style="width:370px" %)Langage|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/language>>http://purl.org/dc/terms/language]]|

102

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %)valeur par défaut=présent|(% style="width:370px" %)Statut|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceStatus>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceStatus]]|

103

|(% style="width:273px" %)**Numéro d'inventaire**|(% style="width:360px" %)NUM_INVENTAIRE|(% style="width:370px" %)(((

//Code barre//

)))|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/catalogNumber>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/catalogNumber]]|oui

108

|(% style="width:273px" %)**Modifié le**|(% style="width:360px" %)MODIFY_DATE|(% style="width:370px" %)//Date à laquelle le

109

spécimen a été modifié//|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/modified>>http://purl.org/dc/terms/modified]]|oui

110

|(% style="width:273px" %)**Nature**|(% style="width:360px" %)(((

111

NATURE_SN

112

export uniquement du terme anglais saisi dans le thésaurus nature

113

)))|(% style="width:370px" %)//Nature du spécimen//|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord]]|oui

114

|(% style="width:273px" %)Champs texte libre du bloc découverte|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_COLLECTE, PRECISIONS_DECOUVERTE,PRECISIONS8GEO|(% style="width:370px" %)Notes ou commentaires sur le spécimen|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceRemarks]]|

115

|(% style="width:273px" %)Numéro de fouille|(% style="width:360px" %)NUM_FOUILLE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/recordNumber>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/recordNumber]]|

116

|(% style="width:273px" %)Inventeur découvreur collecteur|(% style="width:360px" %)INVENTEUR|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/recordedBy>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/recordedBy]]|

117

|(% style="width:273px" %)Nb objets|(% style="width:360px" %)NB_OBJETS_LOT

118

valeur par défaut 1|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/individualCount>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/individualCount]]|

119

|(% style="width:273px" %)Sexe|(% style="width:360px" %)SEXE_SN|(% style="width:370px" %)sexe|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/sex>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/sex]]|

120

|(% style="width:273px" %)Phase|(% style="width:360px" %)PHASE_SN|(% style="width:370px" %)Stade de vie du spécimen au moment de sa récolte|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/lifeStage>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/lifeStage]]|

121

|(% style="width:273px" %)Nature|(% style="width:360px" %)NATURE_SN, termes en français|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/preparations>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/preparations]]|

122

|(% style="width:273px" %)Copyright de la notice|(% style="width:360px" %)COPYRIGHT|(% style="width:370px" %)Information sur les droits de la ressource|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/rightsHolder>>http://purl.org/dc/terms/rightsHolder]]|

123

|(% style="width:273px" %)Précision mention des droits|(% style="width:360px" %)PRECISION_MENTION_DROITS|(% style="width:370px" %)(((

124

Droits d'accès à la ressource

125

)))|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/accessRights>>http://purl.org/dc/terms/accessRights]]|

126

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %)Constante définie dans le paramétrage|(% style="width:370px" %)Nom ou acronyme de l'institution possédant les droits sur la ressource|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/ownerInstitutionCode>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/ownerInstitutionCode]]|

127

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %) |(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/collectionCode>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/collectionCode]]|

128

|(% style="width:273px" %)Référence bibliographique|(% style="width:360px" %)REF_BIBLIO|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedReferences>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedReferences]]|

129

|(% style="width:273px" %)Photo de consultation|(% style="width:360px" %)PHOTO_INV.MUS_PHOTO.UNIQUE_KEY

130

Attention le filtre de selection des images à exporter doit etre adapté dans la configuration de l'export, par défaut toutes les images sont exportées|(% style="width:370px" %)(((

131

Identifiant unique globale du média associé au spécimen

132

133

on n'exporte pas l'image, mais un lien perenne permettant son affichage dans le fichier multimedia

134

)))|[[https:~~/~~/dwc.tdwg.org/list/#dwc_associatedMedia>>https://dwc.tdwg.org/list/#dwc_associatedMedia]]|

135

|(% style="width:273px" %)Hote|(% style="width:360px" %)HOTE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa]]|

136

|(% style="width:273px" %)Autres numéros|(% style="width:360px" %)NUM|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/otherCatalogNumbers>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/otherCatalogNumbers]]|

137

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE terme en français du lieu et de ses parents hiérarchiques|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/higherGeography>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/higherGeography]]|

138

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE clé unique|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/locationID>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/locationID]]|

139

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE terme en français de plus bas niveau dans la hiérarchie|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/locality>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/locality]]|

140

|(% style="width:273px" %)Date de collecte|(% style="width:360px" %)DATE_COLLECTE_DEBUT|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate]]|

141

|(% style="width:273px" %)Nom du gisement|(% style="width:360px" %)NOM_GISEMENT|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimLocality>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimLocality]]|

142

|(% style="width:273px" %)Altitude basee|(% style="width:360px" %)ALTITUDE_BASSE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/minimumElevationInMeters>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/minimumElevationInMeters]]|

143

|(% style="width:273px" %)Altitude haute|(% style="width:360px" %)ALTITUDE_HAUTE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/maximumElevationInMeters>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/maximumElevationInMeters]]|

144

|(% style="width:273px" %)Profondeur|(% style="width:360px" %)PROFONDEUR_SN|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimDepth>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimDepth]]|

145

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.LATITUDE_GEO|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLatitude>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLatitude]]|

146

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.LONGITUDE_GEO|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLongitude>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLongitude]]|

147

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.PROJECTION_GEO

148

Flora travaillant par défaut en RGF93? l'exporet prend en charge la conversion en WGS84|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/geodeticDatum>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/geodeticDatum]]|

149

|(% style="width:273px" %)Précisions découverte|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_DECOUVERTE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/georeferenceRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/georeferenceRemarks]]|

150

|(% style="width:273px" %)Identification du specimen|(% style="width:360px" %)IDENTIFICATION_SPECIMEN

151

on ne prend que l'identification actuelle|(% style="width:370px" %)Nom complet

152

taxonomique|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/scientificName>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/scientificName]]|

153

|(% style="width:273px" %)Identificateur|(% style="width:360px" %)IDENTIFICATEUR|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy]]|

154

|(% style="width:273px" %)Date identification|(% style="width:360px" %)DATE_IDENTIFICATION|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/dateIdentified>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/dateIdentified]]|

155

|(% style="width:273px" %)Note sur l'identification|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_IDENTIFICATION|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/identificationRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identificationRemarks]]

156

157

== Export des images via ARK ==

158

159

Les **fichiers image ne sont pas transmis directement** dans l’export e-ReColNat.

160

Le champ [[AssociatedMedia>>url:https://dwc.tdwg.org/list/?utm_source=chatgpt.com#dwc_associatedMedia]] du Darwin-Core contient uniquement des **URL pérennes** pointant vers les images, sans contrôle préalable des droits d’accès.

161

162

Dans Flora, les images de la **photothèque** sont donc exportées sous forme de liens **ARK** (exemple : https:~/~/demobam.decalog.net/demov45/ark:/12345/003972356/doc/100153/medium).

163

164

Cette fonctionnalité suppose que :

165

166

* le service **ARK** ait été activé dans l’application Flora,

167

* l’application soit **accessible en ligne** via Internet.

168

169

= Réaliser l'export =

170

171

1. (((

172

**Lancer l’export** depuis une liste de résultats via l'icône e-ReColNat. (% style="background-color:transparent" %)Si aucune notice n’est sélectionnée : tout le lot est exporté.

173

)))

174

1. **Choisir le modèle de publication** adapté à l’institution et cliquez sur **Valider**

175

1. Cliquer sur **Obtenir le résultat**

176

1. **Le fichier ZIP** est automatiquement téléchargé (nom = modèle + date/heure).

177

1. **Contrôler le fichier** dans le [[**validateur GBIF**>>https://www.gbif.org/tools/data-validator]] avant envoi.

178

1. **Envoyer** le ZIP à ReColNat

179

180

Contrairement à POP/Joconde, il n’y a pas de visa des notices dans Flora : le contrôle qualité est assuré par le [[validateur GBIF>>attach:https://www.gbif.org/tools/data-validator]].

181

182

[[Icône e-ReColNat>>image:1756800667264-344.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

183

184

185

[[Choix du modèle>>image:1756800708366-479.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

186

187

[[Obtenir le résultat>>image:1756800840284-840.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

= Suivre l'export =

Un champ spécifique, **Lot d’export ReColNat**, est disponible dans la **grille complète** des notices.

192

Il permet d’indiquer, pour chaque notice, le lot d’export en cours de préparation ou déjà réalisé.

193

194

Ce champ présente deux avantages :

195

196

* il peut être **renseigné en masse** grâce à la fonction de modification par lot,

197

* il repose sur une **liste de contrôle ouverte**, qui laisse la possibilité d’ajouter de nouvelles valeurs selon les besoins.

198

199

[[Champ Lot d'export e-recolnat>>image:1683818622847-930.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

200

)))|(% style="width:300px" %)(((

(% class="box" %)

(((

**Sommaire**

)))

(% class="box" %)

(((

**Aller plus loin**

* [[Adapter la notice de bien selon le type de collection>>doc:Gérer les fonds.D\. Gestion des collections.Saisir un bien .Adapter la notice de bien selon le type de collection.WebHome]]

)))

(% class="box" %)

(((

**Icônes principales**

218

219

* [[image:1756802346093-694.png||height="29" width="29"]] : Export e-ReColNat