L'export e-recolnat (darwin-core)

__U__n spécimen n’est pas seulement un objet isolé, mais un nœud de connaissances reliant les institutions, les chercheurs, les taxons et les lieux de collecte.

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37

[[Schéma modèle de données infrastructure e-ReColNat>>image:1756798995119-266.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

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39

40

Ce schéma conceptuel peut être rapproché du modèle de données de Flora : chaque entité e-ReColNat trouve sa correspondance dans une table ou une notice du logiciel.

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|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Entité ReColNat|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Rôle|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Correspondance Flora

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|**Specimen**|Spécimen physique identifié et conservé dans une collection biologique ou paléontologique|Biens et ensembles

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|**Media**|Ressource multimédia (image). Chaque média possède un identifiant unique et persistant (GUID)|Photothèque

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|**Bibliographie**|Références bibliographiques liées aux spécimens-types|Bibliothèque

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|**Taxon**|Données taxonomiques observées sur les étiquettes|Noms scientifiques

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|**Récolte**|Quand, où, comment et par qui un spécimen a été récolté|Notices Biens/Ensembles (table Opérations en développement)

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|**Géographie**|Localisation précise de la récolte|Lieux et sites

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|**Biostratigraphie**|Répartition des espèces fossiles dans les strates sédimentaires|Stratigraphie (en développement)

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|**Personne**|Collecteurs, déterminateurs, chercheurs|Personnes

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|**Institution**|Organisme qui conserve le spécimen (musée, université…)|Organismes

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53

Chaque entité reçoit un identifiant unique généré par ReColNat (UUID). Flora envoie ses **UNIQUE_KEY** qui servent de base à cette génération.

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55

= Préparer l'export =

56

57

== Champs obligatoires ==

58

59

Pour qu’une notice puisse être exportée correctement vers e-ReColNat, certains **champs sont obligatoires**.

60

Ils doivent être renseignés avant de lancer l’export, faute de quoi le validateur **GBIF** signalera des erreurs bloquantes.

61

62

Les principaux champs à vérifier sont :

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64

* **Clé unique** (généré automatiquement par Flora)

65

* **Numéro d'inventaire**

66

* **Modifié le** (généré automatiquement par Flora)

67

* **Nature**

68

69

== Alignement du champ //Nature// avec Darwin-Core ==

70

71

Le champ **Nature** est utilisé pour alimenter le champ **BasisOfRecord** du Darwin-Core, qui est **obligatoire**.

72

Ce champ n’accepte que les valeurs en **anglais**, définies dans [[la norme officielle>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord]].

73

74

Pour éviter toute double saisie dans les notices de spécimens, la correspondance doit être gérée directement dans le **thésaurus NATURE** en associant à chaque terme français son équivalent anglais).

75

76

**Cette configuration doit impérativement être effectuée avant tout export.**

77

78

[[Exemple du terme naturalisation associé à son équivalent anglais PreservedSpecimen>>image:1683816757118-207.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

79

80

== Autres spécifications de saisie ==

81

82

La liste des champs exportés est issue de la l[[a spécification détaillée label_recolnat 1.4.pdf>>attach:label_recolnat.pdf]] et de la **documentation technique Darwin-Core**.

83

Les liens indiqués dans la colonne //Champ ReColNat// renvoient vers ces ressources et permettent de vérifier, pour chaque champ, les règles de saisie applicables.

84

85

(% class="table-hover" %)

86

(% class="active" %)|(% style="background-color:#cbcbea; width:273px" %)**LIbellé FLORA**|(% style="background-color:#cbcbea; width:360px" %)**Champ FLORA**|(% style="background-color:#cbcbea; width:370px" %)**LIbellé RECOLNAT**|(% style="background-color:#cbcbea" %)**Champ RECOLNAT**|(% style="background-color:#cbcbea" %)**Obligatoire**

87

|(% style="width:273px" %)**Clé Unique**|(% style="width:360px" %)UNIQUE_KEY|(% style="width:370px" %)(((

88

//Identifiant unique et persistant représentant le spécimen//

89

90

91

)))|[[//http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceID//>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceID]]|oui

92

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %)valeur par défaut = fr|(% style="width:370px" %)Langage|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/language>>http://purl.org/dc/terms/language]]|

93

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %)valeur par défaut=présent|(% style="width:370px" %)Statut|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceStatus>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceStatus]]|

94

|(% style="width:273px" %)**Numéro d'inventaire**|(% style="width:360px" %)NUM_INVENTAIRE|(% style="width:370px" %)(((

//Code barre//

)))|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/catalogNumber>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/catalogNumber]]|oui

99

|(% style="width:273px" %)**Modifié le**|(% style="width:360px" %)MODIFY_DATE|(% style="width:370px" %)//Date à laquelle le

100

spécimen a été modifié//|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/modified>>http://purl.org/dc/terms/modified]]|oui

101

|(% style="width:273px" %)**Nature**|(% style="width:360px" %)(((

102

NATURE_SN

103

export uniquement du terme anglais saisi dans le thésaurus nature

104

)))|(% style="width:370px" %)//Nature du spécimen//|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord]]|oui

105

|(% style="width:273px" %)Champs texte libre du bloc découverte|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_COLLECTE, PRECISIONS_DECOUVERTE,PRECISIONS8GEO|(% style="width:370px" %)Notes ou commentaires sur le spécimen|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceRemarks]]|

106

|(% style="width:273px" %)Numéro de fouille|(% style="width:360px" %)NUM_FOUILLE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/recordNumber>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/recordNumber]]|

107

|(% style="width:273px" %)Inventeur découvreur collecteur|(% style="width:360px" %)INVENTEUR|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/recordedBy>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/recordedBy]]|

108

|(% style="width:273px" %)Nb objets|(% style="width:360px" %)NB_OBJETS_LOT

109

valeur par défaut 1|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/individualCount>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/individualCount]]|

110

|(% style="width:273px" %)Sexe|(% style="width:360px" %)SEXE_SN|(% style="width:370px" %)sexe|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/sex>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/sex]]|

111

|(% style="width:273px" %)Phase|(% style="width:360px" %)PHASE_SN|(% style="width:370px" %)Stade de vie du spécimen au moment de sa récolte|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/lifeStage>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/lifeStage]]|

112

|(% style="width:273px" %)Nature|(% style="width:360px" %)NATURE_SN, termes en français|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/preparations>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/preparations]]|

113

|(% style="width:273px" %)Copyright de la notice|(% style="width:360px" %)COPYRIGHT|(% style="width:370px" %)Information sur les droits de la ressource|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/rightsHolder>>http://purl.org/dc/terms/rightsHolder]]|

114

|(% style="width:273px" %)Précision mention des droits|(% style="width:360px" %)PRECISION_MENTION_DROITS|(% style="width:370px" %)(((

115

Droits d'accès à la ressource

116

)))|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/accessRights>>http://purl.org/dc/terms/accessRights]]|

117

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %)Constante définie dans le paramétrage|(% style="width:370px" %)Nom ou acronyme de l'institution possédant les droits sur la ressource|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/ownerInstitutionCode>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/ownerInstitutionCode]]|

118

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %) |(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/collectionCode>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/collectionCode]]|

119

|(% style="width:273px" %)Référence bibliographique|(% style="width:360px" %)REF_BIBLIO|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedReferences>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedReferences]]|

120

|(% style="width:273px" %)Photo de consultation|(% style="width:360px" %)PHOTO_INV.MUS_PHOTO.UNIQUE_KEY

121

Attention le filtre de selection des images à exporter doit etre adapté dans la configuration de l'export, par défaut toutes les images sont exportées|(% style="width:370px" %)(((

122

Identifiant unique globale du média associé au spécimen

123

124

on n'exporte pas l'image, mais un lien perenne permettant son affichage dans le fichier multimedia

125

)))|[[https:~~/~~/dwc.tdwg.org/list/#dwc_associatedMedia>>https://dwc.tdwg.org/list/#dwc_associatedMedia]]|

126

|(% style="width:273px" %)Hote|(% style="width:360px" %)HOTE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa]]|

127

|(% style="width:273px" %)Autres numéros|(% style="width:360px" %)NUM|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/otherCatalogNumbers>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/otherCatalogNumbers]]|

128

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE terme en français du lieu et de ses parents hiérarchiques|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/higherGeography>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/higherGeography]]|

129

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE clé unique|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/locationID>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/locationID]]|

130

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE terme en français de plus bas niveau dans la hiérarchie|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/locality>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/locality]]|

131

|(% style="width:273px" %)Date de collecte|(% style="width:360px" %)DATE_COLLECTE_DEBUT|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate]]|

132

|(% style="width:273px" %)Nom du gisement|(% style="width:360px" %)NOM_GISEMENT|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimLocality>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimLocality]]|

133

|(% style="width:273px" %)Altitude basee|(% style="width:360px" %)ALTITUDE_BASSE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/minimumElevationInMeters>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/minimumElevationInMeters]]|

134

|(% style="width:273px" %)Altitude haute|(% style="width:360px" %)ALTITUDE_HAUTE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/maximumElevationInMeters>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/maximumElevationInMeters]]|

135

|(% style="width:273px" %)Profondeur|(% style="width:360px" %)PROFONDEUR_SN|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimDepth>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimDepth]]|

136

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.LATITUDE_GEO|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLatitude>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLatitude]]|

137

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.LONGITUDE_GEO|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLongitude>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLongitude]]|

138

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.PROJECTION_GEO

139

Flora travaillant par défaut en RGF93? l'exporet prend en charge la conversion en WGS84|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/geodeticDatum>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/geodeticDatum]]|

140

|(% style="width:273px" %)Précisions découverte|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_DECOUVERTE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/georeferenceRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/georeferenceRemarks]]|

141

|(% style="width:273px" %)Identification du specimen|(% style="width:360px" %)IDENTIFICATION_SPECIMEN

142

on ne prend que l'identification actuelle|(% style="width:370px" %)Nom complet

143

taxonomique|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/scientificName>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/scientificName]]|

144

|(% style="width:273px" %)Identificateur|(% style="width:360px" %)IDENTIFICATEUR|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy]]|

145

|(% style="width:273px" %)Date identification|(% style="width:360px" %)DATE_IDENTIFICATION|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/dateIdentified>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/dateIdentified]]|

146

|(% style="width:273px" %)Note sur l'identification|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_IDENTIFICATION|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/identificationRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identificationRemarks]]

147

148

== Export des images via ARK ==

149

150

Les **fichiers image ne sont pas transmis directement** dans l’export e-ReColNat.

151

Le champ [[AssociatedMedia>>url:https://dwc.tdwg.org/list/?utm_source=chatgpt.com#dwc_associatedMedia]] du Darwin-Core contient uniquement des **URL pérennes** pointant vers les images, sans contrôle préalable des droits d’accès.

152

153

Dans Flora, les images de la **photothèque** sont donc exportées sous forme de liens **ARK** (exemple : https:~/~/demobam.decalog.net/demov45/ark:/12345/003972356/doc/100153/medium).

154

155

Cette fonctionnalité suppose que :

156

157

* le service **ARK** ait été activé dans l’application Flora,

158

* l’application soit **accessible en ligne** via Internet.

159

160

= Réaliser l'export =

161

162

1. (((

163

**Lancer l’export** depuis une liste de résultats via l'icône e-ReColNat. (% style="background-color:transparent" %)Si aucune notice n’est sélectionnée : tout le lot est exporté.

164

)))

165

1. **Choisir le modèle de publication** adapté à l’institution et cliquez sur **Valider**

166

1. Cliquer sur **Obtenir le résultat**

167

1. **Le fichier ZIP** est automatiquement téléchargé (nom = modèle + date/heure).

168

1. **Contrôler le fichier** dans le [[**validateur GBIF**>>https://www.gbif.org/tools/data-validator]] avant envoi.

169

1. **Envoyer** le ZIP à ReColNat

170

171

Contrairement à POP/Joconde, il n’y a pas de visa des notices dans Flora : le contrôle qualité est assuré par le [[validateur GBIF>>attach:https://www.gbif.org/tools/data-validator]].

172

173

[[Icône e-ReColNat>>image:1756800667264-344.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

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176

[[Choix du modèle>>image:1756800708366-479.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

177

178

[[Obtenir le résultat>>image:1756800840284-840.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

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