Les entités e-ReColNat et leur correspondance Flora
L’élément central du système d’information e-ReColNat est le spécimen. Autour de lui s’articulent différentes entités qui permettent de documenter sa collecte, sa conservation et son étude scientifique
Le spécimen est associé à une image numérique (Media)
Il peut aussi être associé une référence bibliographique
Il est rattaché à une institution (musée, université, laboratoire…) qui en assure la conservation
Il provient d’une récolte, caractérisée par un lieu géographique précis et réalisée par une ou plusieurs personnes (collecteurs)
La récolte peut aussi être mise en relation avec des données de biostratigraphie
Une personne (chercheur, déterminateur) attribue le spécimen à un taxon : c’est l’opération de détermination
Un spécimen n’est pas seulement un objet isolé, mais un nœud de connaissances reliant les institutions, les chercheurs, les taxons et les lieux de collecte.
Schéma modèle de données infrastructure e-ReColNat
Ce schéma conceptuel peut être rapproché du modèle de données de Flora : chaque entité e-ReColNat trouve sa correspondance dans une table ou une notice du logiciel.
Entité ReColNat
Rôle
Correspondance Flora
Specimen
Spécimen physique identifié et conservé dans une collection biologique ou paléontologique
Biens et ensembles
Media
Ressource multimédia (image). Chaque média possède un identifiant unique et persistant (GUID)
Photothèque
Bibliographie
Références bibliographiques liées aux spécimens-types
Bibliothèque
Taxon
Données taxonomiques observées sur les étiquettes
Noms scientifiques
Récolte
Quand, où, comment et par qui un spécimen a été récolté
Notices Biens/Ensembles (table Opérations en développement)
Géographie
Localisation précise de la récolte
Lieux et sites
Biostratigraphie
Répartition des espèces fossiles dans les strates sédimentaires
Stratigraphie (en développement)
Personne
Collecteurs, déterminateurs, chercheurs
Personnes
Institution
Organisme qui conserve le spécimen (musée, université…)
Organismes
Chaque entité reçoit un identifiant unique généré par ReColNat (UUID). Flora envoie ses UNIQUE_KEY qui servent de base à cette génération.
Préparer l'export
Champs obligatoires
Pour qu’une notice puisse être exportée correctement vers e-ReColNat, certains champs sont obligatoires. Ils doivent être renseignés avant de lancer l’export, faute de quoi le validateur GBIF signalera des erreurs bloquantes.
Les principaux champs à vérifier sont :
Clé unique (généré automatiquement par Flora)
Numéro d'inventaire
Modifié le (généré automatiquement par Flora)
Nature
Alignement du champ Nature avec Darwin-Core
Le champ Nature est utilisé pour alimenter le champ BasisOfRecord du Darwin-Core, qui est obligatoire. Ce champ n’accepte que les valeurs en anglais, définies dans la norme officielle.
Pour éviter toute double saisie dans les notices de spécimens, la correspondance doit être gérée directement dans le thésaurus NATURE en associant à chaque terme français son équivalent anglais).
Cette configuration doit impérativement être effectuée avant tout export.
Exemple du terme naturalisation associé à son équivalent anglais PreservedSpecimen
Autres spécifications de saisie
La liste des champs exportés est issue de la la spécification détaillée label_recolnat 1.4.pdf et de la documentation technique Darwin-Core. Les liens indiqués dans la colonne Champ ReColNat renvoient vers ces ressources et permettent de vérifier, pour chaque champ, les règles de saisie applicables.
LIbellé FLORA
Champ FLORA
LIbellé RECOLNAT
Champ RECOLNAT
Obligatoire
Clé Unique
UNIQUE_KEY
Identifiant unique et persistant représentant le spécimen
PHOTO_INV.MUS_PHOTO.UNIQUE_KEY Attention le filtre de selection des images à exporter doit etre adapté dans la configuration de l'export, par défaut toutes les images sont exportées
Identifiant unique globale du média associé au spécimen
on n'exporte pas l'image, mais un lien perenne permettant son affichage dans le fichier multimedia
Les fichiers image ne sont pas transmis directement dans l’export e-ReColNat. Le champ AssociatedMedia du Darwin-Core contient uniquement des URL pérennes pointant vers les images, sans contrôle préalable des droits d’accès.
Dans Flora, les images de la photothèque sont donc exportées sous forme de liens ARK (exemple : https://demobam.decalog.net/demov45/ark:/12345/003972356/doc/100153/medium).
Cette fonctionnalité suppose que :
le service ARK ait été activé dans l’application Flora,
l’application soit accessible en ligne via Internet.
Réaliser l'export
Lancer l’export depuis une liste de résultats via l'icône e-ReColNat. Si aucune notice n’est sélectionnée : tout le lot est exporté.
Choisir le modèle de publication adapté à l’institution et cliquez sur Valider
Cliquer sur Obtenir le résultat
Le fichier ZIP est automatiquement téléchargé (nom = modèle + date/heure).
Contrairement à POP/Joconde, il n’y a pas de visa des notices dans Flora : le contrôle qualité est assuré par le validateur GBIF.
Icône e-ReColNat
Choix du modèle
Obtenir le résultat
Suivre l'export
Un champ spécifique, Lot d’export ReColNat, est disponible dans la grille complète des notices. Il permet d’indiquer, pour chaque notice, le lot d’export en cours de préparation ou déjà réalisé.
Ce champ présente deux avantages :
il peut être renseigné en masse grâce à la fonction de modification par lot,
il repose sur une liste de contrôle ouverte, qui laisse la possibilité d’ajouter de nouvelles valeurs selon les besoins.
