Code source wiki de L'export e-recolnat (darwin-core)

Modifié par Joséphine Ducruet le 2025/10/31 15:06

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version	line-number	content
3.1	1	(% class="mark small" %)Versions 4.5.37 et ultérieures
1.1	2
3.1	3	\|(% style="width:840px" %)(((
6.1	4	(% class="box" %)
	5	(((
	6	L’export e-ReColNat de Flora permet de générer un fichier Darwin-Core (DwC) au format ZIP, destiné à la plateforme nationale ReColNat et aux grands agrégateurs internationaux de biodiversité (GBIF, EOL, OBIS, ALA…).
	7
	8	Il garantit la diffusion normalisée des données de spécimens, leur interopérabilité avec les standards scientifiques, et facilite leur valorisation auprès de la communauté de recherche.
	9
	10	Cette page décrit les principes de l’export, sa préparation dans Flora, ainsi que les étapes pratiques pour le réaliser et en assurer le suivi.
	11	)))
	12
1.1	13	= Présentation générale =
	14
3.1	15	== Qu'est ce que l'export e-RecolNat ? ==
1.1	16
3.1	17	L’export e-ReColNat permet de récupérer les données saisies dans Flora et de générer automatiquement un fichier ZIP au format Darwin-Core.
1.1	18
3.1	19	Le Darwin-Core (DwC) est un standard international utilisé par les plus grandes plateformes d’agrégation de données sur la biodiversité :
1.1	20
3.1	21	* GBIF (Global Biodiversity Information Facility)
	22	* EOL (Encyclopedia of Life)
	23	* ALA (Atlas of Living Australia)
	24	* OBIS (Ocean Biogeographic Information System)
	25	* OZCAM (Online Zoological Collections of Australian Museums)
	26	* MaNIS (Mammal Networked Information System)
1.1	27
3.1	28	Se conformer au label ReColNat, c’est donc permettre la diffusion et l’échange de données vers l’ensemble de ces organismes.
1.1	29
3.1	30	[[Voir la spécification détaillée ReColNat>>attach:label_recolnat.pdf]]
1.1	31
3.1	32	== Les entités e-ReColNat et leur correspondance Flora ==
1.1	33
3.1	34	L’élément central du système d’information e-ReColNat est le spécimen.
	35	Autour de lui s’articulent différentes entités qui permettent de documenter sa collecte, sa conservation et son étude scientifique
1.1	36
3.1	37	* Le spécimen est associé à une image numérique (//Media//)
	38	* Il peut aussi être associé une référence bibliographique
	39	* Il est rattaché à une institution (musée, université, laboratoire…) qui en assure la conservation
	40	* Il provient d’une récolte, caractérisée par un lieu géographique précis et réalisée par une ou plusieurs personnes (collecteurs)
	41	* La récolte peut aussi être mise en relation avec des données de biostratigraphie
	42	* Une personne (chercheur, déterminateur) attribue le spécimen à un taxon : c’est l’opération de détermination
1.1	43
7.1	44	Un spécimen n’est pas seulement un objet isolé, mais un nœud de connaissances reliant les institutions, les chercheurs, les taxons et les lieux de collecte.
1.1	45
3.1	46	[[Schéma modèle de données infrastructure e-ReColNat>>image:1756798995119-266.png\|\|data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]
1.1	47
	48
3.1	49	Ce schéma conceptuel peut être rapproché du modèle de données de Flora : chaque entité e-ReColNat trouve sa correspondance dans une table ou une notice du logiciel.
1.1	50
3.1	51	\|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Entité ReColNat\|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Rôle\|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Correspondance Flora
	52	\|Specimen\|Spécimen physique identifié et conservé dans une collection biologique ou paléontologique\|Biens et ensembles
	53	\|Media\|Ressource multimédia (image). Chaque média possède un identifiant unique et persistant (GUID)\|Photothèque
	54	\|Bibliographie\|Références bibliographiques liées aux spécimens-types\|Bibliothèque
	55	\|Taxon\|Données taxonomiques observées sur les étiquettes\|Noms scientifiques
	56	\|Récolte\|Quand, où, comment et par qui un spécimen a été récolté\|Notices Biens/Ensembles (table Opérations en développement)
	57	\|Géographie\|Localisation précise de la récolte\|Lieux et sites
	58	\|Biostratigraphie\|Répartition des espèces fossiles dans les strates sédimentaires\|Stratigraphie (en développement)
	59	\|Personne\|Collecteurs, déterminateurs, chercheurs\|Personnes
	60	\|Institution\|Organisme qui conserve le spécimen (musée, université…)\|Organismes
1.1	61
3.1	62	Chaque entité reçoit un identifiant unique généré par ReColNat (UUID). Flora envoie ses UNIQUE_KEY qui servent de base à cette génération.
1.1	63
3.1	64	= Préparer l'export =
1.1	65
3.1	66	== Champs obligatoires ==
1.1	67
3.1	68	Pour qu’une notice puisse être exportée correctement vers e-ReColNat, certains champs sont obligatoires.
	69	Ils doivent être renseignés avant de lancer l’export, faute de quoi le validateur GBIF signalera des erreurs bloquantes.
1.1	70
3.1	71	Les principaux champs à vérifier sont :
1.1	72
3.1	73	* Clé unique (généré automatiquement par Flora)
	74	* Numéro d'inventaire
	75	* Modifié le (généré automatiquement par Flora)
	76	* Nature
1.1	77
3.1	78	== Alignement du champ //Nature// avec Darwin-Core ==
1.1	79
3.1	80	Le champ Nature est utilisé pour alimenter le champ BasisOfRecord du Darwin-Core, qui est obligatoire.
	81	Ce champ n’accepte que les valeurs en anglais, définies dans [[la norme officielle>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord]].
1.1	82
3.1	83	Pour éviter toute double saisie dans les notices de spécimens, la correspondance doit être gérée directement dans le thésaurus NATURE en associant à chaque terme français son équivalent anglais).
1.1	84
3.1	85	Cette configuration doit impérativement être effectuée avant tout export.
1.1	86
3.1	87	[[Exemple du terme naturalisation associé à son équivalent anglais PreservedSpecimen>>image:1683816757118-207.png\|\|data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]
1.1	88
4.1	89	== Autres spécifications de saisie ==
1.1	90
3.1	91	La liste des champs exportés est issue de la l[[a spécification détaillée label_recolnat 1.4.pdf>>attach:label_recolnat.pdf]] et de la documentation technique Darwin-Core.
	92	Les liens indiqués dans la colonne //Champ ReColNat// renvoient vers ces ressources et permettent de vérifier, pour chaque champ, les règles de saisie applicables.
1.1	93
	94	(% class="table-hover" %)
3.1	95	(% class="active" %)\|(% style="background-color:#cbcbea; width:273px" %)LIbellé FLORA\|(% style="background-color:#cbcbea; width:360px" %)Champ FLORA\|(% style="background-color:#cbcbea; width:370px" %)LIbellé RECOLNAT\|(% style="background-color:#cbcbea" %)Champ RECOLNAT\|(% style="background-color:#cbcbea" %)Obligatoire
1.1	96	\|(% style="width:273px" %)Clé Unique\|(% style="width:360px" %)UNIQUE_KEY\|(% style="width:370px" %)(((
	97	//Identifiant unique et persistant représentant le spécimen//
	98
	99
3.1	100	)))\|[[//http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceID//>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceID]]\|oui
1.1	101	\|(% style="width:273px" %) \|(% style="width:360px" %)valeur par défaut = fr\|(% style="width:370px" %)Langage\|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/language>>http://purl.org/dc/terms/language]]\|
	102	\|(% style="width:273px" %) \|(% style="width:360px" %)valeur par défaut=présent\|(% style="width:370px" %)Statut\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceStatus>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceStatus]]\|
	103	\|(% style="width:273px" %)Numéro d'inventaire\|(% style="width:360px" %)NUM_INVENTAIRE\|(% style="width:370px" %)(((
	104	//Code barre//
	105
	106
3.1	107	)))\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/catalogNumber>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/catalogNumber]]\|oui
1.1	108	\|(% style="width:273px" %)Modifié le\|(% style="width:360px" %)MODIFY_DATE\|(% style="width:370px" %)//Date à laquelle le
3.1	109	spécimen a été modifié//\|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/modified>>http://purl.org/dc/terms/modified]]\|oui
1.1	110	\|(% style="width:273px" %)Nature\|(% style="width:360px" %)(((
	111	NATURE_SN
	112	export uniquement du terme anglais saisi dans le thésaurus nature
3.1	113	)))\|(% style="width:370px" %)//Nature du spécimen//\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord]]\|oui
1.1	114	\|(% style="width:273px" %)Champs texte libre du bloc découverte\|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_COLLECTE, PRECISIONS_DECOUVERTE,PRECISIONS8GEO\|(% style="width:370px" %)Notes ou commentaires sur le spécimen\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceRemarks]]\|
	115	\|(% style="width:273px" %)Numéro de fouille\|(% style="width:360px" %)NUM_FOUILLE\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/recordNumber>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/recordNumber]]\|
	116	\|(% style="width:273px" %)Inventeur découvreur collecteur\|(% style="width:360px" %)INVENTEUR\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/recordedBy>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/recordedBy]]\|
	117	\|(% style="width:273px" %)Nb objets\|(% style="width:360px" %)NB_OBJETS_LOT
	118	valeur par défaut 1\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/individualCount>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/individualCount]]\|
	119	\|(% style="width:273px" %)Sexe\|(% style="width:360px" %)SEXE_SN\|(% style="width:370px" %)sexe\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/sex>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/sex]]\|
	120	\|(% style="width:273px" %)Phase\|(% style="width:360px" %)PHASE_SN\|(% style="width:370px" %)Stade de vie du spécimen au moment de sa récolte\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/lifeStage>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/lifeStage]]\|
	121	\|(% style="width:273px" %)Nature\|(% style="width:360px" %)NATURE_SN, termes en français\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/preparations>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/preparations]]\|
	122	\|(% style="width:273px" %)Copyright de la notice\|(% style="width:360px" %)COPYRIGHT\|(% style="width:370px" %)Information sur les droits de la ressource\|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/rightsHolder>>http://purl.org/dc/terms/rightsHolder]]\|
	123	\|(% style="width:273px" %)Précision mention des droits\|(% style="width:360px" %)PRECISION_MENTION_DROITS\|(% style="width:370px" %)(((
3.1	124	Droits d'accès à la ressource
1.1	125	)))\|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/accessRights>>http://purl.org/dc/terms/accessRights]]\|
	126	\|(% style="width:273px" %) \|(% style="width:360px" %)Constante définie dans le paramétrage\|(% style="width:370px" %)Nom ou acronyme de l'institution possédant les droits sur la ressource\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/ownerInstitutionCode>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/ownerInstitutionCode]]\|
	127	\|(% style="width:273px" %) \|(% style="width:360px" %) \|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/collectionCode>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/collectionCode]]\|
	128	\|(% style="width:273px" %)Référence bibliographique\|(% style="width:360px" %)REF_BIBLIO\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedReferences>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedReferences]]\|
	129	\|(% style="width:273px" %)Photo de consultation\|(% style="width:360px" %)PHOTO_INV.MUS_PHOTO.UNIQUE_KEY
	130	Attention le filtre de selection des images à exporter doit etre adapté dans la configuration de l'export, par défaut toutes les images sont exportées\|(% style="width:370px" %)(((
	131	Identifiant unique globale du média associé au spécimen
	132
	133	on n'exporte pas l'image, mais un lien perenne permettant son affichage dans le fichier multimedia
	134	)))\|[[https:~~/~~/dwc.tdwg.org/list/#dwc_associatedMedia>>https://dwc.tdwg.org/list/#dwc_associatedMedia]]\|
	135	\|(% style="width:273px" %)Hote\|(% style="width:360px" %)HOTE\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa]]\|
	136	\|(% style="width:273px" %)Autres numéros\|(% style="width:360px" %)NUM\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/otherCatalogNumbers>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/otherCatalogNumbers]]\|
	137	\|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille\|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE terme en français du lieu et de ses parents hiérarchiques\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/higherGeography>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/higherGeography]]\|
	138	\|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille\|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE clé unique\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/locationID>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/locationID]]\|
	139	\|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille\|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE terme en français de plus bas niveau dans la hiérarchie\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/locality>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/locality]]\|
	140	\|(% style="width:273px" %)Date de collecte\|(% style="width:360px" %)DATE_COLLECTE_DEBUT\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate]]\|
	141	\|(% style="width:273px" %)Nom du gisement\|(% style="width:360px" %)NOM_GISEMENT\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimLocality>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimLocality]]\|
	142	\|(% style="width:273px" %)Altitude basee\|(% style="width:360px" %)ALTITUDE_BASSE\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/minimumElevationInMeters>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/minimumElevationInMeters]]\|
	143	\|(% style="width:273px" %)Altitude haute\|(% style="width:360px" %)ALTITUDE_HAUTE\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/maximumElevationInMeters>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/maximumElevationInMeters]]\|
	144	\|(% style="width:273px" %)Profondeur\|(% style="width:360px" %)PROFONDEUR_SN\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimDepth>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimDepth]]\|
	145	\|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo\|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.LATITUDE_GEO\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLatitude>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLatitude]]\|
	146	\|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo\|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.LONGITUDE_GEO\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLongitude>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLongitude]]\|
	147	\|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo\|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.PROJECTION_GEO
	148	Flora travaillant par défaut en RGF93? l'exporet prend en charge la conversion en WGS84\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/geodeticDatum>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/geodeticDatum]]\|
	149	\|(% style="width:273px" %)Précisions découverte\|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_DECOUVERTE\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/georeferenceRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/georeferenceRemarks]]\|
	150	\|(% style="width:273px" %)Identification du specimen\|(% style="width:360px" %)IDENTIFICATION_SPECIMEN
	151	on ne prend que l'identification actuelle\|(% style="width:370px" %)Nom complet
	152	taxonomique\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/scientificName>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/scientificName]]\|
	153	\|(% style="width:273px" %)Identificateur\|(% style="width:360px" %)IDENTIFICATEUR\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy]]\|
	154	\|(% style="width:273px" %)Date identification\|(% style="width:360px" %)DATE_IDENTIFICATION\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/dateIdentified>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/dateIdentified]]\|
3.1	155	\|(% style="width:273px" %)Note sur l'identification\|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_IDENTIFICATION\|(% style="width:370px" %)-\|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/identificationRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identificationRemarks]]
1.1	156
3.1	157	== Export des images via ARK ==
	158
	159	Les fichiers image ne sont pas transmis directement dans l’export e-ReColNat.
	160	Le champ [[AssociatedMedia>>url:https://dwc.tdwg.org/list/?utm_source=chatgpt.com#dwc_associatedMedia]] du Darwin-Core contient uniquement des URL pérennes pointant vers les images, sans contrôle préalable des droits d’accès.
	161
	162	Dans Flora, les images de la photothèque sont donc exportées sous forme de liens ARK (exemple : https:~/~/demobam.decalog.net/demov45/ark:/12345/003972356/doc/100153/medium).
	163
	164	Cette fonctionnalité suppose que :
	165
	166	* le service ARK ait été activé dans l’application Flora,
	167	* l’application soit accessible en ligne via Internet.
	168
4.1	169	= Réaliser l'export =
3.1	170
	171	1. (((
	172	Lancer l’export depuis une liste de résultats via l'icône e-ReColNat. (% style="background-color:transparent" %)Si aucune notice n’est sélectionnée : tout le lot est exporté.
	173	)))
	174	1. Choisir le modèle de publication adapté à l’institution et cliquez sur Valider
	175	1. Cliquer sur Obtenir le résultat
	176	1. Le fichier ZIP est automatiquement téléchargé (nom = modèle + date/heure).
	177	1. Contrôler le fichier dans le [[validateur GBIF>>https://www.gbif.org/tools/data-validator]] avant envoi.
	178	1. Envoyer le ZIP à ReColNat
	179
	180	Contrairement à POP/Joconde, il n’y a pas de visa des notices dans Flora : le contrôle qualité est assuré par le [[validateur GBIF>>attach:https://www.gbif.org/tools/data-validator]].
	181
	182	[[Icône e-ReColNat>>image:1756800667264-344.png\|\|data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]
	183
	184
	185	[[Choix du modèle>>image:1756800708366-479.png\|\|data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]
	186
	187	[[Obtenir le résultat>>image:1756800840284-840.png\|\|data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]
	188
4.1	189	= Suivre l'export =
3.1	190
	191	Un champ spécifique, Lot d’export ReColNat, est disponible dans la grille complète des notices.
	192	Il permet d’indiquer, pour chaque notice, le lot d’export en cours de préparation ou déjà réalisé.
	193
	194	Ce champ présente deux avantages :
	195
	196	* il peut être renseigné en masse grâce à la fonction de modification par lot,
	197	* il repose sur une liste de contrôle ouverte, qui laisse la possibilité d’ajouter de nouvelles valeurs selon les besoins.
	198
	199	[[Champ Lot d'export e-recolnat>>image:1683818622847-930.png\|\|data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]
4.1	200	)))\|(% style="width:300px" %)(((
	201	(% class="box" %)
	202	(((
	203	Sommaire
3.1	204
4.1	205	{{toc depth="2" numbered="true"/}}
	206	)))
3.1	207
4.1	208	(% class="box" %)
	209	(((
	210	Aller plus loin
5.1	211
	212	* [[Adapter la notice de bien selon le type de collection>>doc:Gérer les fonds.D\. Gestion des collections.Saisir un bien .Adapter la notice de bien selon le type de collection.WebHome]]
4.1	213	)))
1.1	214
4.1	215	(% class="box" %)
	216	(((
	217	Icônes principales
5.1	218
	219	* [[image:1756802346093-694.png\|\|height="29" width="29"]] : Export e-ReColNat
4.1	220	)))
	221	)))

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