L'export e-recolnat (darwin-core)

__U__n spécimen n’est pas seulement un objet isolé, mais un nœud de connaissances reliant les institutions, les chercheurs, les taxons et les lieux de collecte.

36

37

[[Schéma modèle de données infrastructure e-ReColNat>>image:1756798995119-266.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

38

39

40

Ce schéma conceptuel peut être rapproché du modèle de données de Flora : chaque entité e-ReColNat trouve sa correspondance dans une table ou une notice du logiciel.

41

42

|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Entité ReColNat|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Rôle|=(% style="text-align: center; background-color: rgb(203, 203, 234);" %)Correspondance Flora

43

|**Specimen**|Spécimen physique identifié et conservé dans une collection biologique ou paléontologique|Biens et ensembles

44

|**Media**|Ressource multimédia (image). Chaque média possède un identifiant unique et persistant (GUID)|Photothèque

45

|**Bibliographie**|Références bibliographiques liées aux spécimens-types|Bibliothèque

46

|**Taxon**|Données taxonomiques observées sur les étiquettes|Noms scientifiques

47

|**Récolte**|Quand, où, comment et par qui un spécimen a été récolté|Notices Biens/Ensembles (table Opérations en développement)

48

|**Géographie**|Localisation précise de la récolte|Lieux et sites

49

|**Biostratigraphie**|Répartition des espèces fossiles dans les strates sédimentaires|Stratigraphie (en développement)

50

|**Personne**|Collecteurs, déterminateurs, chercheurs|Personnes

51

|**Institution**|Organisme qui conserve le spécimen (musée, université…)|Organismes

52

53

Chaque entité reçoit un identifiant unique généré par ReColNat (UUID). Flora envoie ses **UNIQUE_KEY** qui servent de base à cette génération.

54

55

= Préparer l'export =

56

57

== Champs obligatoires ==

58

59

Pour qu’une notice puisse être exportée correctement vers e-ReColNat, certains **champs sont obligatoires**.

60

Ils doivent être renseignés avant de lancer l’export, faute de quoi le validateur **GBIF** signalera des erreurs bloquantes.

61

62

Les principaux champs à vérifier sont :

63

64

* **Clé unique** (généré automatiquement par Flora)

65

* **Numéro d'inventaire**

66

* **Modifié le** (généré automatiquement par Flora)

67

* **Nature**

68

69

== Alignement du champ //Nature// avec Darwin-Core ==

70

71

Le champ **Nature** est utilisé pour alimenter le champ **BasisOfRecord** du Darwin-Core, qui est **obligatoire**.

72

Ce champ n’accepte que les valeurs en **anglais**, définies dans [[la norme officielle>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord]].

73

74

Pour éviter toute double saisie dans les notices de spécimens, la correspondance doit être gérée directement dans le **thésaurus NATURE** en associant à chaque terme français son équivalent anglais).

75

76

**Cette configuration doit impérativement être effectuée avant tout export.**

77

78

[[Exemple du terme naturalisation associé à son équivalent anglais PreservedSpecimen>>image:1683816757118-207.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

79

80

== Autres spécifications de saisie ==

81

82

La liste des champs exportés est issue de la l[[a spécification détaillée label_recolnat 1.4.pdf>>attach:label_recolnat.pdf]] et de la **documentation technique Darwin-Core**.

83

Les liens indiqués dans la colonne //Champ ReColNat// renvoient vers ces ressources et permettent de vérifier, pour chaque champ, les règles de saisie applicables.

84

85

(% class="table-hover" %)

86

(% class="active" %)|(% style="background-color:#cbcbea; width:273px" %)**LIbellé FLORA**|(% style="background-color:#cbcbea; width:360px" %)**Champ FLORA**|(% style="background-color:#cbcbea; width:370px" %)**LIbellé RECOLNAT**|(% style="background-color:#cbcbea" %)**Champ RECOLNAT**|(% style="background-color:#cbcbea" %)**Obligatoire**

87

|(% style="width:273px" %)**Clé Unique**|(% style="width:360px" %)UNIQUE_KEY|(% style="width:370px" %)(((

88

//Identifiant unique et persistant représentant le spécimen//

89

90

91

)))|[[//http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceID//>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceID]]|oui

92

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %)valeur par défaut = fr|(% style="width:370px" %)Langage|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/language>>http://purl.org/dc/terms/language]]|

93

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %)valeur par défaut=présent|(% style="width:370px" %)Statut|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceStatus>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceStatus]]|

94

|(% style="width:273px" %)**Numéro d'inventaire**|(% style="width:360px" %)NUM_INVENTAIRE|(% style="width:370px" %)(((

//Code barre//

)))|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/catalogNumber>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/catalogNumber]]|oui

99

|(% style="width:273px" %)**Modifié le**|(% style="width:360px" %)MODIFY_DATE|(% style="width:370px" %)//Date à laquelle le

100

spécimen a été modifié//|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/modified>>http://purl.org/dc/terms/modified]]|oui

101

|(% style="width:273px" %)**Nature**|(% style="width:360px" %)(((

102

NATURE_SN

103

export uniquement du terme anglais saisi dans le thésaurus nature

104

)))|(% style="width:370px" %)//Nature du spécimen//|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecord]]|oui

105

|(% style="width:273px" %)Champs texte libre du bloc découverte|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_COLLECTE, PRECISIONS_DECOUVERTE,PRECISIONS8GEO|(% style="width:370px" %)Notes ou commentaires sur le spécimen|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceRemarks]]|

106

|(% style="width:273px" %)Numéro de fouille|(% style="width:360px" %)NUM_FOUILLE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/recordNumber>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/recordNumber]]|

107

|(% style="width:273px" %)Inventeur découvreur collecteur|(% style="width:360px" %)INVENTEUR|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/recordedBy>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/recordedBy]]|

108

|(% style="width:273px" %)Nb objets|(% style="width:360px" %)NB_OBJETS_LOT

109

valeur par défaut 1|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/individualCount>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/individualCount]]|

110

|(% style="width:273px" %)Sexe|(% style="width:360px" %)SEXE_SN|(% style="width:370px" %)sexe|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/sex>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/sex]]|

111

|(% style="width:273px" %)Phase|(% style="width:360px" %)PHASE_SN|(% style="width:370px" %)Stade de vie du spécimen au moment de sa récolte|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/lifeStage>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/lifeStage]]|

112

|(% style="width:273px" %)Nature|(% style="width:360px" %)NATURE_SN, termes en français|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/preparations>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/preparations]]|

113

|(% style="width:273px" %)Copyright de la notice|(% style="width:360px" %)COPYRIGHT|(% style="width:370px" %)Information sur les droits de la ressource|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/rightsHolder>>http://purl.org/dc/terms/rightsHolder]]|

114

|(% style="width:273px" %)Précision mention des droits|(% style="width:360px" %)PRECISION_MENTION_DROITS|(% style="width:370px" %)(((

115

Droits d'accès à la ressource

116

)))|[[http:~~/~~/purl.org/dc/terms/accessRights>>http://purl.org/dc/terms/accessRights]]|

117

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %)Constante définie dans le paramétrage|(% style="width:370px" %)Nom ou acronyme de l'institution possédant les droits sur la ressource|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/ownerInstitutionCode>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/ownerInstitutionCode]]|

118

|(% style="width:273px" %) |(% style="width:360px" %) |(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/collectionCode>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/collectionCode]]|

119

|(% style="width:273px" %)Référence bibliographique|(% style="width:360px" %)REF_BIBLIO|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedReferences>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedReferences]]|

120

|(% style="width:273px" %)Photo de consultation|(% style="width:360px" %)PHOTO_INV.MUS_PHOTO.UNIQUE_KEY

121

Attention le filtre de selection des images à exporter doit etre adapté dans la configuration de l'export, par défaut toutes les images sont exportées|(% style="width:370px" %)(((

122

Identifiant unique globale du média associé au spécimen

123

124

on n'exporte pas l'image, mais un lien perenne permettant son affichage dans le fichier multimedia

125

)))|[[https:~~/~~/dwc.tdwg.org/list/#dwc_associatedMedia>>https://dwc.tdwg.org/list/#dwc_associatedMedia]]|

126

|(% style="width:273px" %)Hote|(% style="width:360px" %)HOTE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa]]|

127

|(% style="width:273px" %)Autres numéros|(% style="width:360px" %)NUM|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/otherCatalogNumbers>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/otherCatalogNumbers]]|

128

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE terme en français du lieu et de ses parents hiérarchiques|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/higherGeography>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/higherGeography]]|

129

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE clé unique|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/locationID>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/locationID]]|

130

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte, site de fouille|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE terme en français de plus bas niveau dans la hiérarchie|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/locality>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/locality]]|

131

|(% style="width:273px" %)Date de collecte|(% style="width:360px" %)DATE_COLLECTE_DEBUT|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate]]|

132

|(% style="width:273px" %)Nom du gisement|(% style="width:360px" %)NOM_GISEMENT|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimLocality>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimLocality]]|

133

|(% style="width:273px" %)Altitude basee|(% style="width:360px" %)ALTITUDE_BASSE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/minimumElevationInMeters>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/minimumElevationInMeters]]|

134

|(% style="width:273px" %)Altitude haute|(% style="width:360px" %)ALTITUDE_HAUTE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/maximumElevationInMeters>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/maximumElevationInMeters]]|

135

|(% style="width:273px" %)Profondeur|(% style="width:360px" %)PROFONDEUR_SN|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimDepth>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimDepth]]|

136

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.LATITUDE_GEO|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLatitude>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLatitude]]|

137

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.LONGITUDE_GEO|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLongitude>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLongitude]]|

138

|(% style="width:273px" %)Lieu de découverte - coordonnées géo|(% style="width:360px" %)SITE_DECOUVERTE.PROJECTION_GEO

139

Flora travaillant par défaut en RGF93? l'exporet prend en charge la conversion en WGS84|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/geodeticDatum>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/geodeticDatum]]|

140

|(% style="width:273px" %)Précisions découverte|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_DECOUVERTE|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/georeferenceRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/georeferenceRemarks]]|

141

|(% style="width:273px" %)Identification du specimen|(% style="width:360px" %)IDENTIFICATION_SPECIMEN

142

on ne prend que l'identification actuelle|(% style="width:370px" %)Nom complet

143

taxonomique|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/scientificName>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/scientificName]]|

144

|(% style="width:273px" %)Identificateur|(% style="width:360px" %)IDENTIFICATEUR|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy]]|

145

|(% style="width:273px" %)Date identification|(% style="width:360px" %)DATE_IDENTIFICATION|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/dateIdentified>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/dateIdentified]]|

146

|(% style="width:273px" %)Note sur l'identification|(% style="width:360px" %)PRECISIONS_IDENTIFICATION|(% style="width:370px" %)-|[[http:~~/~~/rs.tdwg.org/dwc/terms/identificationRemarks>>http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identificationRemarks]]

147

148

== Export des images via ARK ==

149

150

Les **fichiers image ne sont pas transmis directement** dans l’export e-ReColNat.

151

Le champ [[AssociatedMedia>>url:https://dwc.tdwg.org/list/?utm_source=chatgpt.com#dwc_associatedMedia]] du Darwin-Core contient uniquement des **URL pérennes** pointant vers les images, sans contrôle préalable des droits d’accès.

152

153

Dans Flora, les images de la **photothèque** sont donc exportées sous forme de liens **ARK** (exemple : https:~/~/demobam.decalog.net/demov45/ark:/12345/003972356/doc/100153/medium).

154

155

Cette fonctionnalité suppose que :

156

157

* le service **ARK** ait été activé dans l’application Flora,

158

* l’application soit **accessible en ligne** via Internet.

159

160

= Réaliser l'export =

161

162

1. (((

163

**Lancer l’export** depuis une liste de résultats via l'icône e-ReColNat. (% style="background-color:transparent" %)Si aucune notice n’est sélectionnée : tout le lot est exporté.

164

)))

165

1. **Choisir le modèle de publication** adapté à l’institution et cliquez sur **Valider**

166

1. Cliquer sur **Obtenir le résultat**

167

1. **Le fichier ZIP** est automatiquement téléchargé (nom = modèle + date/heure).

168

1. **Contrôler le fichier** dans le [[**validateur GBIF**>>https://www.gbif.org/tools/data-validator]] avant envoi.

169

1. **Envoyer** le ZIP à ReColNat

170

171

Contrairement à POP/Joconde, il n’y a pas de visa des notices dans Flora : le contrôle qualité est assuré par le [[validateur GBIF>>attach:https://www.gbif.org/tools/data-validator]].

172

173

[[Icône e-ReColNat>>image:1756800667264-344.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

174

175

176

[[Choix du modèle>>image:1756800708366-479.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

177

178

[[Obtenir le résultat>>image:1756800840284-840.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

= Suivre un export =

Un champ spécifique, **Lot d’export ReColNat**, est disponible dans la **grille complète** des notices.

183

Il permet d’indiquer, pour chaque notice, le lot d’export en cours de préparation ou déjà réalisé.

184

185

Ce champ présente deux avantages :

186

187

* il peut être **renseigné en masse** grâce à la fonction de modification par lot,

188

* il repose sur une **liste de contrôle ouverte**, qui laisse la possibilité d’ajouter de nouvelles valeurs selon les besoins.

189

190

[[Champ Lot d'export e-recolnat>>image:1683818622847-930.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" data-xwiki-image-style-border="true"]]

191

192

193

)))|(% style="width:300px" %)

194

195

= (% id="cke_bm_418S" style="display:none" %) (%%)Paramétrages à mettre en oeuvre =

196

197

== Dans le profil de l'utilisateur réalisant l'export ==

198

199

Ajouter au groupe ou à l'utilisateur, le rôle ci dessous

200

201

[[image:1683798011711-531.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" height="149" width="266" class="img-thumbnail"]]

202

203

une fois ce rôle attribué, l'icône d'export e-Recolnat apparaitra systématiquement sur tous les résultats de recherche de la table des biens

204

205

== Dans les fichiers de configuration de l'export recolnat ==

206

207

**conf/local/export/erecolnat/erecolnat_common.**properties

208

209

=== Code de l'institution et lien vers l'organisme ===

210

211

on y définira le code de votre institution ainsi que le recordId de la notice Organisme contenant les données administratives

212

213

### Code de l'institution

214

dwc.terms.ownerInstitutionCode=NPS##

215

216

### RecordId de la notice organisme contenant le nom, adresse, email du musée##

217

218

##eml.organisme.recordId=system:ORGANISME:1##

219

220

### RecordId de la notice utilisateur contenant le Nom et prénom de l'utilisateur nommé dans le fichier eml de l'export##

221

222

##eml.utilisateur.recorId=system:UTILISATEUR:355##

223

224

il est possible d'utiliser le nom et prénom de l'utilisateur conecté réalisant l'export, pour cela idiquer le paramétrage ci dessous

225

226

##eml.utilisateur.recorId=##${eml.session.user.recordId}

227

228

=== Url de l'application flora pour l'accés public aux ark images ===

229

230

Attention, **les images ne sont pas envoyées en tant que fichier** mais en tant que lien url vers l'image stockée dans la Photheque. il faut donc qu'un acces public aninyme soit activé sur l'application flora et que** le service ark **soit mis en oeuvre et opérationnel

231

232

### Chemin absolu de la racine de l'url a ajouter aux URL des ARK images

233

# Concernant la variable ${flora-url} :

234

# - sa valeur par defaut "http:~/~/localhost:8080/flora" est definie

235

# dans le parametre "default/flora-url" du fichier ../conf/app.xml

236

# - elle peut etre definie dans context.xml de la fa�on suivante :

237

# Exemple :

238

# <Environment name="flora-url" value="http:~/~/localhost:8080/flora"

239

# type="java.lang.String" override="false"/>

240

meta.ark.root.url=https:~/~/demobam.decalog.net/demov45/ark:

241

# Taille de l'image a ajouter aux URL des ARK images: [/low], [/medium], [/high]

242

meta.ark.image.size=/medium##

243

244

== Dans la table ORGANISME ==

245

246

renseigner leschamps ci dessous qui sont utilisé dans le fichier eml de l'export

247

248

[[image:1683727227330-656.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" height="405" width="838" class="img-thumbnail"]]

249

250

[[image:1683728053538-479.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" height="38" width="652" class="img-thumbnail"]]

251

252

== Créer un modèle de publication e-Recolnat ==

253

254

Si le modèle de publication n'est pas déclaré dans la table system.REPORT, vérifier que le rôle "Administration modele de publication" dispose de la grille de saisie ci dessous

255

256

257

[[image:1684830843836-141.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" height="498" width="693" class="img-thumbnail"]]

258

259

(% class="wikigeneratedid" %)

260

Puis créer le modele avec les données ci dessous

261

262

[[image:1684830990119-755.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" height="326" width="917" class="img-thumbnail"]]

263

264

265

== Comment gérer plusieurs institutions dans une même application FLora ==

266

267

il faudra dupliquer les modèles de publication de type Recolnat (11) et faire pointer chacun d'eux sur le fichier **conf/local/export/erecolnat/erecolnat_common.properties **concerné pour les rattacher au bon code d'institution et à la bonne notice de la table ORGANISME

268

269

**exemple : premier modèle**

270

271

[[image:1683817914389-123.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" class="img-thumbnail"]]

**deuxieme modele**

[[image:1683817891509-244.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" class="img-thumbnail"]]

277

278

279

**interface pour déposer les fichiers properties dédiés **aprés les avoir personnalisés

280

281

généralement, on ne modifiera que le fichier des paramétres spécifiques à l'institution, mais il faudra dupliquer le fichier erecolnat.properties pour pointer sur le bon fichier de paramétres d'institution. Il y aura donc à minima, deux fichiers à dupliquer par institution

282

283

[[image:1684831292030-806.png||data-xwiki-image-style-alignment="center" height="481" width="941" class="img-thumbnail"]]

284

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